本发明提供一种治疗慢性肠功能紊乱的纯中药组合物及由其制备的纯中药外用粉贴剂，其中药原料及重量份为：佛手1-15份，细辛1-9份，川乌1-12份，白附子1-18份，丁香1-12份，香附1-15份，冰片1-9份，薄荷1-9份，樟脑1-9份，乳香1-9份，虎杖1-15份。还提供了上述的治疗慢性肠功能紊乱的纯中药组合物在制备治疗慢性肠功能紊乱的纯中药制剂中的应用以及制成的治疗慢性肠功能紊乱的纯中药外用粉贴剂。本发明的纯中药组合物可作为外用药物，避免口服药物本身对肠道的直接刺激，依从性好，副作用可以避免；中药天然药物，无刺激，无过敏，无特殊工艺要求，方便实用，值得推广。