本发明提供了一种小单孢菌菌株、制备方法及其应用，本发明从海洋沉积物中分离并筛选到一株抗肿瘤活性很好的放线菌，该放线菌为小单孢菌菌株FIM07-0019(Mciromonospora sp.FIM07-0019)，并利用该小单孢菌菌株FIM07-0019制备出发酵液，再将所述发酵液经提取、正相硅胶柱层析、C18反相柱层析等处理，提取分离得到对肿瘤细胞具有细胞毒活性的大环内酯类化合物，该大环内酯类化合物为研究开发新的抗肿瘤药物提供了天然药物化学研究基础和先导化合物，对开发利用中国的海洋药物资源具有重要价值。