短小芽孢杆菌在对虾养殖中的应用，涉及水产养殖。所述短小芽孢杆菌为Bacillus pumilus1A05490和Bacillus pumilus1A08151，分离自中国黄海表层沉积物和印度洋深海沉积物，可在制备短小芽孢杆菌制剂等中应用，所述短小芽孢杆菌制剂包括致病性弧菌抑菌制剂、对虾生长促进剂、对虾饲料添加剂、对虾养殖水质改良剂等中的一种。所制得的短小芽孢杆菌制剂包含的活菌数不低于1×10⁹CFU/mL，最高可达到1×10¹⁰CFU/mL以上。所述短小芽孢杆菌制剂按对虾饲料重量的0.5%～5%添加，所述短小芽孢杆菌制剂在养殖水体中的接种浓度可为10³～10⁴cfu/mL。