本发明公开了纳他霉素及其药物组合物在纯化被污染的食用菌菌种上的应用，属于食用菌菌种纯化领域。本发明还公开了含纳他霉素的药物组合物的组成为1ml水中含有纳他霉素4～10μg/ml、细菌类抗生素25～100μg/ml。本发明还公开了纯化被污染的食用菌菌种的方法，即将制备的本发明药物组合物均匀涂布于培养基上，然后在培养皿中央接种被污染的食用菌菌种，在20～28℃下避光培养至菌落直径2～5cm时，观察，用无菌接种针挑无杂菌的尖端菌丝，转移到PDA斜面培养基试管培养5～10天，然后观察没有杂菌的即纯化成功。本发明纳他霉素对被霉菌、酵母等真菌污染的食用菌菌种纯化效果好。其次，本发明方法简单，成本低。