本发明涉及一种利用原生质体通过毛细管电泳检测细菌的方法，所述方法如下：(1)制备原生质体；(2)将待检测的细菌原生质体和与所述原生质体相互作用的ssDNA或药物用毛细管电泳缓冲液配制成样品，样品中，原生质体悬液的浓度为10⁵～10⁹CFU/mL，ssDNA溶液的浓度为2～20μM，药物溶液的浓度为0.5～10mmol/L；(3)将步骤(2)制备得到的样品进行毛细管电泳检测。所述方法通过实现ssDNA或药物对原生质体的识别，进而实现对细菌的检测；可克服现有核酸分子与微生物发生相互作用识别检测微生物的方法中存在的相互作用位点少以及相互作用力弱的缺陷，具有准确、快速、简便以及成本低特点。