本发明涉及一种保育感染黄龙病的柑橘种质的方法，包括砧木的培育与热处理、接穗的采集和药物处理、嫁接、管理和检测。本发明对砧木幼苗进行热处理，培育无黄龙病砧木、对感染黄龙病但还有生活力的柑橘枝条进行药物处理，取接穗于药物处理后的柑橘枝条，嫁接于无黄龙病的砧木上。经嫁接苗成活后4个月、8个月和12个月采集样品，并进行PCR检测和发病情况调查，结果表明，本发明能彻底清除柑橘优良种质或品种感病接穗的黄龙病病原菌，直观、准确评价感病种质资源的恢复和保育效果，快速保护和培育柑橘种质资源。