本发明属于生物技术制药工业中基因工程领域，具体是一种兽抗菌肽cystain11融合蛋白及其编码基因与应用。本发明所述的兽抗菌肽cystain11融合蛋白很好地利用了抗菌肽和Pichiapastoris的优点，其编码基因可以在Pichiapastoris中高效表达，降低了抗菌肽的生产成本，将此融合蛋白在制备抑制细菌药物中的应用，特别是大肠杆菌和葡萄球菌，开发一种绿色、安全、无残留的抑菌新型药物，具有很高的经济价值和巨大的社会效益。