本发明涉及一种集水井清淤系统及其清淤方式。本发明的目的是提供一种操作方便、耗能较少且效率高的集水井清淤系统及其清淤方式。本发明的技术方案是：集水井清淤系统，集水井内装设排水设施，该集水井靠近底部较低区域埋设含砂水流汇集管，其特征在于：集水井底板设置一定倾斜坡度，集水井上方、对应底板最低处安装抓斗式清淤装置；集水井底部设置泥沙密度和泥沙淤积高度测量系统和泥沙汇集高压冲洗系统。本发明适用于水电和水利工程，尤其适用于水电站地下厂房、坝体以及水垫塘内的集水井底部淤积物的清理，以及抽水泵站的集水井底部淤积物的清理，同样也适用于各引水工程的取水池以及污水处理厂的沉积池等区域。