本发明提供了一种木糖的制备方法，主要包括如下步骤：处理含纤维素、半纤维素的原料，得到含木糖的溶液；含木糖的溶液经过提纯后，包括含木糖的溶液提纯前先经过活性炭脱色，得到脱色液；脱色液经一次蒸发浓缩之前，先经过保护过滤和/或卷式膜超滤，然后经电渗析设备除盐，得到电渗析液，再经膜浓缩得到膜浓缩液，最后经一次蒸发浓缩、活性炭脱色、离子交换、二次蒸发浓缩、结晶、离心得到木糖晶体。本发明利用电渗析除盐、膜浓缩代替传统工艺中的碳酸钙或者石灰中和、一次离子交换、一次蒸发浓缩，减少了酸碱消耗和水耗，可以节约用水55-75%，大量降低了污水排放；因此本工艺真正实现了节能降耗、减轻污染、清洁高效生产的目的。