本发明公开了一种甲醇为初始反应原料连续制备聚甲氧基二甲醚的系统，主要包括甲醛制备单元、甲缩醛制备单元和聚甲氧基二甲醚制备单元：甲醛制备单元的主要作用是在催化剂的作用下，把原料甲醇氧化成甲醛溶液；甲缩醛制备单元的作用是固体酸性树脂催化剂的作用下，把部分甲醛溶液与甲醇反应，制备成甲缩醛；聚甲氧基二甲醚制备单元的作用是在离子液体催化剂的作用下，甲醇、甲缩醛分别与甲醛溶液的缩合反应，制备聚甲氧基二甲醚，反应产物经过分离提纯后，得到聚甲氧基二甲醚产品。本发明相比于三聚甲醛或者低聚甲醛路线，其流程简单，能耗低，操作简单，在实现中间产品循环回收利用的同时，还实现了污水的回收处理，非常适合大规模的工业化生产。