本发明公开了一种新型抗HBV内源蛋白HNF1α及其应用。HNF1α的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示。HNF1α能够抑制肝细胞分泌表达s抗原（HBsAg），e抗原（HBeAg）以及降低HBV DNA载量，HNF1α可能通过与HBV增强子I的特定位点结合而发挥抑制HBV表达的作用。HNF1α可以开发成为抗HBV的有效药物，同时为抗HBV药物的研究及开发奠定了基础。