本发明公开了一种费托合成废水在煤炭间接液化生产中循环利用系统及方法，其系统包括含氨废水存储装置、含氨废水泵、制浆水槽、制浆水泵、水煤浆制备装置和F-T合成装置；其方法包括如下步骤：(1)含氨废水与费托合成废水中和制备制浆水；(2)所述制浆水返回所述水煤浆制备装置再利用；本发明的优点在于，每年约能节约药剂成本人民币300万/年；大大减轻了污水处理的负担，解决了制约化工行业达标排放的瓶颈性问题；煤浆质量不会因为制浆水pH值的问题而频繁波动；经过运行检验，用含氨废水中和费托合成废水后得到的制浆废水对机泵过流部件和管道无任何腐蚀。