本发明公开了强化活性污泥的复合微生物活菌制剂及其制备方法和应用。该复合微生物活菌制剂含有纺锤芽孢杆菌(Bacillus fusiformis)，丛毛单胞菌(Comamonas sp.)和苍白杆菌(Ochrobactrum sp.)。该制备方法包括以下步骤：(1)将经过斜面活化的纺锤芽孢杆菌(Bacillus fusiformis)，丛毛单胞菌(Comamonas sp.)，苍白杆菌(Ochrobactrum sp.)分别接种于液体培养基中，30℃～37℃培养40～54小时，得微生物菌液；(2)将步骤(1)得到微生物菌液均匀混合，以40℃～60℃烘干，粉碎至15～50目，过筛即可。该复合微生物活菌制剂在造纸废水处理工艺中作为活性污泥降解COD强化剂中的应用能够有效、迅速、强化活性污泥性能，高效降解造纸废水COD，改善污水色度与水质。