一种膜生物反应器全程自养脱氮工艺的快速启动方法属于城市污水处理与资源化领域。在膜生物反应器（MBR）内启动全程自养脱氮工艺，其步骤为：首先接种城市污水厂曝气池硝化污泥，在常温及较低进水氨氮下恢复污泥活性；其次降低曝气量，逐渐增加氨氮浓度，成功富集氨氧化菌；最后再次减小曝气量降低DO，诱导厌氧氨氧化菌，成功启动全程自养脱氮工艺。本发明解决了全程自养脱氮工艺启动缓慢、种泥要求苛刻的难题，提供了一种在MBR反应器中快速启动全程自养脱氮工艺的策略，实现了氨氮的高效去除，为MBR反应器应用于全程自养脱氮工艺的长期高效稳定运行提供了方法。