本发明公开了一种同时制备β-淀粉酶和高纯度大豆低聚糖的方法，包括以下步骤：（1）调节大豆蛋白废水pH值，加入助滤剂和复合沉淀剂；（2）加入除盐水，再加入钙盐；（3）采用超滤膜处理；（4）采用超滤膜处理，制得β-淀粉酶；（5）采用电渗析法降电导；（6）酵母菌发酵，超滤；（7）采用模拟移动床进行色谱分离，得到大豆低聚糖组分和果糖组分。本发明的同时制备β-淀粉酶和高纯度大豆低聚糖的方法，具有以下有益效果：1、以大豆蛋白废水为原料，不但充分利用了资源，而且节约了污水处理成本。2、得到的β-淀粉酶酶活高，而且酶的耐酸性和耐温性好。3、工艺简单，成本低，并且得到的大豆低聚糖产品纯度高。