本发明涉及一种利用生物制剂处理苏氨酸发酵废水的环保工艺，其利用高速碟片分离机将苏氨酸发酵液中的菌体蛋白分离，回收菌体蛋白沉淀，并收集上清液，将上清液采用膜过滤，膜回收菌体蛋白，并收集滤液，合并菌体蛋白，调整固含量发酵制备益生菌剂；浓缩、等电沉降提取苏氨酸步骤产生的生产废水，自然沉降固液分离，上清液排入进入污水处理系统，调节pH添加复合微生物菌剂深度处理后达标排放，本发明工艺废水排放少，经济环保。其具有广阔的应用前景。