本发明涉及一种氨基酸表面修饰的复合磁性微纳米颗粒及制备方法和用途，该磁性微纳米颗粒的表面被氨基酸类化合物通过羧基或巯基作用于磁性微纳米颗粒表面，采用共沉淀一锅反应法制备复合磁性颗粒，原料廉价易得、环境相容性好、制备方便，油水分离工艺流程短、易于工业实现，极大地降低现有油田污水的处理成本。本发明针对三采污水中含有大量部分水解聚丙烯酰胺的特性，选择氨基酸类化合物对磁性微纳米颗粒进行表面改性，对含聚三采污水的除油率高达90%以上，是一种非常理想的绿色油水分离材料，具有非常好的社会效益和经济效益，对于节约资源，保护环境具有极其重要的现实意义。尤其解决了现有油田三采含聚污水处理的难题。