本发明公开了一种生态渗滤处理方法，A、在待处理湖泊的入口设置初级渗滤装置，初级渗滤装置包括竹质网箱，竹质网箱内填充有基质，竹质网箱外包裹有透水布；B、在待处理湖泊中放置第一渗滤岛，首先从湖底填充第二基底层至水面，然后在第二基底层上依次设置第一砾石层、第一煤渣层、第一透水布层、第一基底层、第一土壤层和第一砂土层；C、在待处理湖泊中放置第二渗滤岛，首先从湖底填充第四基底层至水面，然后在第四基底层上依次设置第二砾石层、第二煤渣层、第二透水布层、第三基底层和第二土壤层。本方法提高了水质净污效率，有效对工业废水、生活污水以及河道水质进行生态恢复。