本发明的目的在于提供船用内置式膜生物反应装置，属于船舶污水处理领域，包括反应器、进出水系统、曝气系统、循环粉碎系统、上药系统；进出水系统包括缓冲池，缓冲池中存有待处理的污水，污水通过上水泵进入反应器，经反应器处理后的污水由真空泵抽出，通过紫外灭菌装置后排出；曝气系统包括曝气泵，曝气泵通过曝气管路连通反应器；循环粉碎系统包括循环粉碎泵，循环粉碎泵通过循环入口和循环出口分别连通反应器底部，反应器底部的大颗粒以及沉积污泥通过循环入口进入循环粉碎泵，再通过循环出口返回反应器；上药系统包括上药箱，上药箱通过上药泵连通反应器与真空泵之间的管路，上药箱还通过上药泵连通反应器。本发明体积小，污水处理效率高。