本发明属于水处理领域，公开一种用于中水回用处理技术的硅藻精土深度处理方法。经过一级处理和二级处理后的污水流经依次由投加硅藻精土的快速混合区和沉淀区组成的深度处理系统进行深度处理，处理过程中沉淀区的污泥部分回流至快速混合区，部分脱水外运；其中通过控制硅藻精土的投加量使所述的快速混合区中SS浓度控制在40mg/L～80mg/L，设置搅拌装置对污水及硅藻精土进行搅拌处理；当硅藻精土与污水充分混合后随着水流推行流速变慢，硅藻精土与水中微量污染物在缓流段进行进一步反应，最后进入沉淀区，进行泥水分离，上清液出水。本方法的运用，可以使出水达到BG/T18920《城市杂用水水质标准》。