本发明公开了一种适用于农村雨污混合污水处理的生态滞留沟渠系统，包括缓冲段、截污段以及强化区，缓冲段包括第一沟渠以及设置在第一沟渠中的V形挡板，第一沟渠分为第一段和至少一个第二段，在第一段沟底的前部铺设有粒径为3-8cm大砾石，在第一段沟底的后部和第二段沟底的前部铺设有粒径为1-3cm的中砾石，在第二段沟底的后部铺设有0.2-1cm的小砾石；截污段包括第二沟渠以及设置在第二沟渠内的涵洞，在第二沟渠的沟底铺设有两层砾石；强化区包括一蓄水池，该蓄水池从下至上依次为粗砾石层、细砾石层以及土壤层，本发明彻底解决环境卫生状况，既保证污染物去除效率，同时也要防止和解决渠道长期运行发生冲刷和堵塞的问题，使系统具有较好的排水去污能力。