本发明公开了一种高温高压微波物化处理含磷污水的系统和方法，属于水污染治理领域。该系统由加药泵、除磷药剂溶储罐、管道混合器、微波发生器、提升泵、微波反应器、除磷反应柱、湍流压力突变器、空气扩散器、浮选沉淀池、污泥浓缩池、压滤机、减压阀、加压溶气水储罐、空压机以及加压泵组成。本发明利用微波选择性加热获得高温，利用微波和压力突变的双重作用促进气泡破灭的瞬间产生高压的特点，获得了高温高压的化学除磷反应的条件。与传统的常温常压的化学除磷法相比，本发明具有除磷效率高、反应时间短，节省除磷药剂成本等优点，有助于降低水体磷的富营养化污染，具有显著的经济效益和环境效益。