本发明公开了一种使用以多种沉水植物组合为基础的生态系统处理农村污水的系统及方法，所述系统包括按水流进水至出水顺序，依次将水塘分隔成三个区域；第一处理区种植沉水植物组合A，组合A为黑藻、伊乐藻、小茨藻、菹草、眼子菜中的任意两种以上;第二处理区种植沉水植物组合B，组合B为至少包括苦草和刺苦草；第三处理区种植沉水植物组合C，组合C为黑藻、伊乐藻、小茨藻、苦草、刺苦草、菹草、眼子菜、狐尾藻、金鱼藻中任意两种以上。本发明实施简单，成本低，效果好；不需额外的管网工程和土地；出水能达到《城镇污水处理厂污染物排放标准》中一级A标准以上。可作为自然景观，水体透明度高，生物多样性高，生态景观价值高。