本发明公开了一种万寿菊提取叶黄素的压榨污水的综合处理方法，包括以下步骤：初沉淀；上层液进行过滤，滤液中添加好氧活性污泥曝气8～10天；曝气后的上层液进行沉淀；沉淀后的上层液添加厌氧活性污泥厌氧发酵8～20天，产生的沼气收集；厌氧发酵后的上清液进行沉淀；沉淀后的上层液进行过滤后，进行脱色处理；脱色后流出清液，通过人工湿地储存。本发明通过沉淀、过滤、曝气、厌氧发酵、脱色和人工湿地综合处理万寿菊提取叶黄素的压榨污水，具有成本低，经济合理，消耗小，能大大降低压榨污水的COD和净化水质，获得沼气能源，结合人工湿地生态处理，最后使废水达标，美化环境，自动化程度高，减轻劳动强度。