本发明属于生活污水分散式处理领域，公开了一种硝化反硝化两相分离的两段式多介质土壤层污水渗滤处理系统，包括硝化段和设置在硝化段下方的反硝化段，所述硝化段包括天然沸石填料层、铺设在天然沸石填料层底部的前段排水卵石层以及设置在前段排水卵石层下方的前段排水假底，所述反硝化段包括渗滤层、土壤模块层、后段排水卵石层及设置在后段排水卵石层下方的后段排水假底，所述硝化段与反硝化段之间距离为25-50cm。相对于传统的MSL系统，本发明系统对生活污水TN尤其是无机氮的去除有所改善；节省材料，避免了人工通风，运行能耗更低；系统处理效果良好，且不易堵塞。