本发明涉及一种囊壁含有磁性纳米粒子的微胶囊的制备方法，是以含巯基的氨基酸或多肽修饰的磁性纳米粒子的交联膜为囊壁，装载有疏水性药物的油相为芯材的载药微胶囊。本发明是将磁性纳米粒子直接负载在微胶囊的囊壁上，避免了磁性纳米粒子的团聚；磁性纳米粒子均匀分布在微胶囊的囊壁上，最大限度的减少磁性纳米粒子与装载于囊芯中的药物的接触，从而降低其对药效和靶向性的影响；利用磁性纳米粒子的磁靶向性实现药物的可控靶向传输；利用二硫键的还原响应性实现药物的可控靶向释放；操作简单，高效快捷，且不易引入杂质。