本发明公开了一种含有胍盐的污水的处理系统，该污水主要来自安全气囊起爆药车间内加工的污水，以及医药、农药、染料及其他有机合成物中间体的生产。本系统主要包括污水预处理单元、污水处理单元和生化处理单元，其特征在于：所述污水处理单元包括除Cu²⁺单元、离子交换单元和电渗析单元。同时还公开了该处理系统的处理方法。本发明主要利用离子交换单元与电渗析单元的配合，将污水中的胍盐充分去除。本发明具有操作工艺简单，高效节能，运行成本低，实现全自动控制，提高污水站自动化管理水平，处理后的污水可以满足清洁和绿化的标准要求。