本发明公开了一种控制离子注入的方法和装置，该装置包括产生束流装置、晶片、法拉第杯、晶片驱动器、控制器、真空系统装置、真空腔体，其中产生束流装置产生一个直线束流；该束流垂直注入到晶片当中；法拉第杯检测束流值，输出一个反映束流大小的信号给控制器；晶片驱动器与控制器进行通讯，通过接受控制器传送的参数命令驱动晶片进行上下扫描；束流在传输过程中处于一个密封的真空腔体内，其真空环境则依靠真空系统装置来维持；控制器控制注入剂量。本方法用直接检测束流变化的方式为控制离子注入补偿提供依据，而不是去检测真空压力的变化，从而达到控制离子注入均匀性和剂量准确性的目的。