本发明提供一种硬盘状态指示灯控制系统，包含：硬盘、硬盘背板以及主机板。硬盘产生硬盘工作信号。硬盘背板耦接硬盘，具有硬盘工作指示灯。硬盘背板传送硬盘工作信号至主机板，控制主机板与硬盘间的读写通讯。主机板包含：控制芯片、复杂可编程逻辑器以及硬盘连接指示灯。控制芯片检测硬盘与主机板的连接情况，产生硬盘连接状态信号。复杂可编程逻辑器对硬盘工作信号及硬盘连接状态信号同步调整，传送调整后的硬盘工作信号至硬盘背板，控制硬盘工作指示灯。硬盘连接指示灯根据复杂可编程逻辑器调整后的硬盘连接状态信号，与硬盘工作指示灯同步显示。