本发明公布一种以近自然培养法为原理的微生物纯培养方法和装置，使用有孔的培养容器，容器内衬有一层至数层微孔滤膜，灭菌后加入无菌培养基可用于微生物纯培养。培养时将该有孔容器放入被培养微生物所需的环境中，使膜内微生物可同外界微生物交流和通讯、但膜内微生物又难以逃逸或被污染，从而使被培养微生物获得一种接近自然的培养条件。该发明可增强许多自然环境中微生物的可培养性，甚至使部分未能培养微生物的分离纯化成为可能。