本发明公开了生态养鱼及生物净水一体化养殖系统及其养殖方法，解决了目前流水养鱼对饲料利用不充分，加重水体富营养化，鱼产品质量低下等问题。本发明的养殖系统主要由具有进水口（2）和出水口（3）的流水池（1）组成，其特征在于：所述流水池（1）内部出水口（3）处设置有拦截浮游生物的拦截装置（4）；本发明还包括生态养鱼及生物净水一体化养殖方法。本发明可充分利用饲料，达到少投饵不投饵料不施肥料的目的，具有生态养鱼及生物净水的优点。