本发明公开了一种计算机可编程自动控制系统及其控制方法，所述系统包括应用层、实时调度层和实时控制层；其中所述应用层用于开发并编译程序，实现远程通讯以及网络人机界面交互功能；所述实时调度层用于实时运行所述应用层的程序，并实时调度所述实时控制层上的操作指令，对硬件进行操作；所述实时控制层用于执行所述操作指令，以完成控制操作。本发明通过采用统一的软硬件结合的系统平台，将PLC控制模式、机器人控制模式等控制方式整合在一个系统中，且能提供逻辑、运动、处理等功能，使用本系统，用户可以更灵活、更开放地进行升级或者转换控制方式。