本发明公开一种网络税控系统中的安全处理方法。该方法包括：网络税控器通过存储用于完整性检测的度量值及税控数据采集模块发送的验证完整性的校验码对税控数据采集模块进行完整性校验。网络税控器对数据采集模块、税控服务器对网络税控器进行两级的在线状态监测。税控服务器和网络税控器通过身份认证和安全通讯层的方式，实现安全的数据传输。该安全处理方法从部件完整性验证、在线状态监测、税控数据安全传输三个方面进行处理，在不改变所处理的商业MIS系统的前提下保证了网络税控系统的安全，有效保证了整个网络税控系统控税的准确性。