本发明公开了一种微网继电保护、自动化一体化智能保护系统。系统通过采集微网中所有设备的运行信息，预先分析微网的运行状态，当微网运行方式发生变化时，微网智能保护系统将分析出的最新运行方式并通过通讯网络下发给微网中各个智能设备，智能设备将自动根据当前运行方式，切换到与之对应的设置。微网智能保护系统内的设备可以微网的运行方式变化自适应的调整，解决了微网在并网与孤网两种模式下继电保护与自动化装置的不对应问题，系统还同时集成了微网的模式转换控制，实现了微网继电保护与自动化一体化。