本发明提供了一种LED衬底材料生长的控制系统，包括：主系统、籽晶旋转分系统、籽晶升降分系统、电源控制分系统、晶体成像分系统以及晶体称重系统，其中，所述主系统包括：可编程逻辑控制器、开关量输入模块、开关量输出模块、模数转换模块、数模转换模块、串口通讯模块、第一计数模块以及第二计数模块。其中，分系统通过各个模块与主系统相连，有效的解决了现有技术中由于晶体生长炉中各个子系统不能集成而导致的控制繁琐、成本高的问题。