本发明公开了一种确定全球卫星导航系统导航卫星频间偏差的方法，涉及无线通讯，信号硬件延迟，导航定位与授时领域。该方法包括导航卫星和接收机综合频间偏差的确定以及导航卫星频间偏差的分离。本发明通过参数重整和局部电离层TEC建模得到了导航卫星和接收机的综合频间偏差，通过设计导航卫星和接收机频间偏差分离参考基准自适应选择准则，最终了确定导航卫星的频间偏差。本发明基于8个基准站确定的导航卫星频间偏差的稳定性整体上优于国际上利用近200个基准站确定的导航卫星频间偏差的稳定性，精度更为可靠。