本发明公开了一种控制信息安全设备访问权限的方法和系统，属于控制设备访问权限领域。方法包括：信息安全设备启动自动运行程序；提升自动运行程序的权限，在计算机的注册表中的光盘设备类的Properties键下创建安全Security项；并获取安全描述符的值；把安全描述符号的值设置为Security项的值；计算机根据Security项的值修改计算机的光盘设备类的访问权限；计算机中的应用程序向信息安全设备发送操作指令，完成计算机与信息安全设备的数据通讯。系统包括：信息安全设备与计算机，通过本发明使得信息安全设备能够在Windows操作系统下不受用户权限限制，并且解决了如何修改信息安全设备权限等各种问题。