一种信息安全技术领域的基于MEMS密码锁的硬盘加密系统。本发明中，MEMS密码锁加密卡驱动及认证模块与PCI密码锁加密专用板通讯，PCI接口控制器把PCI总线上的指令转化为PCI局部总线端指令，由I/O信号扩展芯片输出控制字到MEMS密码锁驱动电路驱动MEMS密码锁解码，解码的同时MEMS密码锁产生密钥信号，密钥处理模块读取MEMS密码锁发来的密钥信号，判断正确码或是错误码的来临，若取得32位正确码，发送密钥到FPGA硬盘数据加密/解密模块，硬盘信息即正确读写；若判断错误码来临，由密钥处理模块发送复位相位到PCI局部总线执行MEMS密码锁复位动作。本发明达到通过物理方法产生密钥加密硬盘的目的，安全性高。