一种伺服器机柜系统及其控制方法。此控制方法适用于伺服器机柜系统。此控制方法包括多个步骤。伺服器机柜系统建立通讯连接，以连接至电池备援单元。电池备援单元连接至伺服器机柜系统的受电端口。电池备援单元包含多个相互并联的电池模块。伺服器机柜系统控制电池备援单元，以于第一时段进行第一电池模块的有效性测试。伺服器机柜系统控制电池备援单元，以于一第二时段进行其中的第二电池模块的有效性测试。第一时段及第二时段互不重迭。