本发明公开了一种外控变排量压缩机扭矩补偿的方法及系统，该方法包括：电喷EMS采集发动机转数信号，确定当前发动机转数数值；通过CAN通讯与空调ECU相连接，确定当前外控变排量压缩机控制电流、冷媒压力数值；利用内部MAP图，通过查表的方法，获得当前的扭矩值；根据需要补偿的扭矩值，通过调整喷油量等参数，实现整车扭矩的实时补偿。该发明通过整车以及台架试验的方法，将冷媒压力、外控变排量压缩机控制电流、发动机转数与压缩机扭矩关联起来，对整车外控变排量压缩机扭矩进行实时的补偿，可以提高外控变排量压缩机扭矩补偿的精度，从而保证整车的动力输出以及驾乘舒适性。