本发明属于医药技术领域，具体为一种半乳糖修饰巯基化壳聚糖季铵盐纳米粒及其制备方法和应用。本发明的纳米粒由荷正电的半乳糖修饰巯基化壳聚糖季铵盐和离子交联剂经离子交联作用生成，同时包载蛋白质多肽药物或核酸药物。其中半乳糖修饰巯基化壳聚糖季铵盐由壳聚糖的氨基依次经季铵化、半乳糖修饰和巯基化修饰而成。该纳米粒的制备过程简单、无需使用有机溶剂，可保护蛋白质多肽药物或核酸药物的活性。该纳米粒结构稳定，可主动靶向炎症巨噬细胞和肝癌细胞，有效提高口服药物的小肠吸收并改善核酸药物的转染效率，抗炎和抗肿瘤效果显著优于现有壳聚糖类纳米粒，可用于制备口服给药系统或者联合给药系统等。