本发明公开了一种独立式发动机启停控制系统及其控制方法，该控制系统包括EMS、EPS、蓄电池、发电机、启动电机、真空度传感器、车辆开关和车辆负载、发动机启停控制模块。本发明的发动机启停控制系统将发动机启停控制系统从EMS中独立出来形成一个专用控制模块，在原车的标定条件下通过该专用模块采集多方信息并与发动机通过CAN总线实现通讯，进而实现启停功能，从而达到节省燃油的目的。其优点是不改变原车电气系统的基本架构，开通与发动机的通讯，标定验证简单，开发周期短，标定费用低，硬件成本降低，且一个方案可适应多种车型。本发明的发动机启停控制方法利用独立的发动机启停控制模块自动实现发动机的启停，降低了硬件成本，安全、可靠性好。