本发明涉及一种用于水华预警的藻类复苏及垂向迁移监测装置及监测方法，该装置包括水面控制单元和水底测件单元，水面控制单元设有浮台，浮台上设有第一无线通讯器、信号灯和卷扬机，通过缆绳与测件单元相连接。水底测件单元包括设备箱、测量架和采集箱，设备箱内安装有发动机、处理器和第二无线通讯器，测量架上安装有激光光源和荧光接收器；采集箱底面设置有小孔且内部安装有一块可垂直上下活动的齿板并通过电磁铁控制升降状态，采集箱左右两侧各有一个支架，采集箱右侧和设备箱左侧斜对称分别安装一个卷轴。本发明的特点在于通过实时监测底泥藻细胞休眠后的全生命周期侦测湖库水华暴发前兆，填补了不能对水华实施最早期预报的空白。