本发明公开了一种用于固体氧化物燃料电池系统的控制器，包含数字核心电路、通讯接口电路、输入调理电路、输出驱动电路和稳压电源电路；数字核心电路分别连接稳压电源电路的输出端、输入调理电路的输入端和输出驱动电路的输入端；通讯接口电路的输出端连接通过CAN总线网络连接固体氧化物燃料电池系统（SOFC）的主控制器，输入调理电路的输出端连接SOFC的功能单元的传感器，输出驱动电路的输出端连接SOFC的功能单元的执行器；功能单元为电堆单元、空气供给单元、燃料供给单元、尾气回收单元或电管理单元。本发明针对SOFC控制任务复杂的特点，设计了功能完备的控制器，使得该硬件可以作为SOFC各功能单元的通用控制器，满足了SOFC系统开发应用的控制器硬件需求。