本发明公开了一种纳米结构磷酸钙双载药体系及其制备方法。所述的双载药体系是一种纳米多孔结构磷酸钙载体材料中同时装载有疏水性药物和亲水性蛋白质类药物。所述的双载药体系的制备是首先通过将亲水性蛋白质类药物加入水溶性钙盐水溶液中或/和水溶性磷酸盐水溶液中，在制备纳米多孔结构磷酸钙载体材料的同时原位装载上亲水性蛋白质类药物，然后加入含疏水性药物的有机溶液中，进行震荡，离心，收集沉淀，干燥而得。本发明提供的纳米结构磷酸钙双载药体系具有优良的生物相容性、生物降解性、无毒和不易被免疫细胞吞噬等优点；可通过控制反应条件实现药物装载量的可调性；且制备工艺简单，易于实现工业化，具有应用前景。