一种通信用燃料电池备用电源系统，包括供氢单元、燃料电池单元、DC/DC单元、输出单元、巡检单元、模拟量采集单元、主控单元和人机交互单元。其中供氢单元实现用碳氢化合物制备高纯度氢气；燃料电池单元将化学能转化为直流电能；DC/DC单元对燃料电池的输出电压调节后为输出单元供电；输出单元在市电掉电后为通讯基站供电；巡检单元用于采集单电池电压；模拟量采集单元采集系统中各种数据信号并传输给主控单元；主控单元分析数据并向各单元发送控制信号；人机交互单元完成近程、远程通讯以及监控报警等功能。该系统高效、清洁、安全可靠、智能化程度高，作为通信备用电源，可实现与市电供电的无缝链接；同时该系统不需要充电，可长时间持续工作。