本发明涉及应用于燃料电池发电系统的CAN总线双机冗余控制系统，包括主机及其总线切换器、从机及其总线切换器、CAN总线、执行机构、被控对象，所述的主机和从机之间利用CAN总线的通讯进行信息交换，正常情况下，主机通过执行机构对被控对象进行控制，主机总线切换器打开，从机总线切换器被断开，当主机发生故障时，主机的总线切换器被断开，从机的总线切换器打开，由从机完成对被控对象进行控制。与现有技术相比，本发明利用燃料电池发电系统原有的CAN通讯网络进行冗余控制具有成本低、电路设计简单、抗干扰性强等特点，该冗余控制系统在燃料电池发电系统中的应用大大的提高了燃料电池发电站的安全性和可靠性。