本发明属压缩机、鼓风机温度故障保护控制领域，尤其涉及一种风机系统温度故障保护控制系统及其控制方法，包括工程师站、操作员站、下位机；所述操作员站用于过程值采集、监控，报表打印功能；所述工程师站用于现场监控、修改控制终端；所述操作员站与工程师站之间采用基于CP进行数据通讯；所述操作员站及工程师站与下位机PLC主站之间采用基于CP进行数据通讯。按如下步骤进行：1)实时读取电阻值；2)判断电阻是否短路或断路；若为短路或断路，当前温度被替换为设定温度；若未短路或断路，则返回步骤1)；3)需要检修并报警；4)判断是否检修；若已检修，则返回步骤1)；若未检修，则返回步骤3)。本发明自动化程度高，运行成本低。