本发明涉及一种PLC在线调试系统及方法，该系统包括相互通讯的PLC后台控制模块和PLC；其中PLC后台控制模块用于编写用户程序并进行编译，将编译后的用户程序发送至PLC，使能PLC进入PLC在线调试状态，调试并监控PLC中用户程序的运行数据；所述PLC用于接收PLC后台控制模块编译后的用户程序，下载至用户程序存储区，并根据PLC后台控制模块调试中生成的断点信息解析并执行所下载的用户程序，同时将监控的用户程序的运行数据反馈给PLC后台控制模块。本发明由PLC后台控制模块和PLC通过通讯的方式实现用户程序实时在线调试，其功能简单易行，功能开发难度和工作量较小，并且不存在PLC离线模拟仿真调试存在的软PLC和真实的PLC的同步问题。