本发明一种具有双身份认证的安全保护方法及其系统，所述方法包括如下步骤：A、使主人操作的本机与同伴建立通讯联系，并建立同伴验证信息，构成同伴认证关系，基于同伴认证关系的验证为同伴验证；B、对本机设置主人对本机的验证信息，本机验证信息包括口令、约定事由和通知通讯，以构成确定本机合法操作者的本机认证关系，基于本机认证关系的验证为本机验证；在进行本机验证过程中，当满足约定事由时，即启动对同伴的通知通讯；C、所述同伴验证先于本机验证而被验证。本发明使得同伴有机会和条件，获知和判断对本机的入侵嫌疑行为，并且和主人取得足够的联系，来最终判定其行为的合法性。